约瑟夫·阿基诺顺利入主马拉卡南宫后，迅速进行了一系列的人事变动，政府中杜尔特提拔上来的官员以各种借口被弹劾或直接撤职，在菲律宾政府中想要找出一个没有任何污点的官员根本不可能，可以说被替换掉的官员没有一个是冤枉的。

军队是人事调整要血腥的多，菲德尔·阿基诺少将麾下的特种作战团对支持杜尔特总统的北吕宋军区和国家首都军区的主要将领展开了“斩首”行动，没有防备的两个军区的主要指挥官悉数遇刺。国家首都军区的第1步兵师在师部机关被特种作战团袭击后，两个步兵连和宪兵部队在各自军官的带领下对袭击师部的特种部队展开了攻击，五十多名特种部队被暴怒的第1步兵师官兵直接全部打死。直到菲德尔·阿基诺少将调来了更多的部队和轻型快反连才平息了第1步兵师的争斗，差点让这场一帆风顺的政变出现了意外，要知道第1步兵师就驻扎在马尼拉市郊区，一旦该师被组织起来全面反抗的话，接手马尼拉市都没有太大的问题，阿基诺家族在马尼拉市拥有的力量只有菲德尔·阿基诺少将的特种部队，特种作战部队的多支部队在其他地区执行任务，马尼拉市的兵力也就千余人。

两天的血雨腥风，让约瑟夫·阿基诺顺利控制了整个菲律宾，至于杜尔特总统，在畏罪潜逃的途中遭遇车祸身亡，尸体已经被火化。名声已经被约瑟夫·阿基诺弄臭的杜尔特总统已经快速被遗忘了，在肮脏的政治中这样的事情很是常见。

至于被作为引子的“珍珠”号游轮，新成立的阿基诺四世政府，选择了以保护游客生命为第一要务，同摩伊组织展开了谈判，在支付了三千万美元的赎金后，所有人质获释。在人质获释后的当天夜间，菲律宾特种部队突袭了摩伊组织的一处秘密营地，击毙摩伊组织武装人员十七人，算是给被杀死的游客一个交代。

上台之后的约瑟夫·阿基诺总统宣布废除杜尔特执政时期与中国政府签署的一系列出卖菲律宾权益的合同，与美国、日本和澳大利亚展开广泛合作。同时考虑到中国军队控制了台湾岛，严重威胁到吕宋海峡和吕宋岛北部的安全，约瑟夫·阿基诺总统宣布允许美国在菲律宾拥有更多的军事基地、驻扎更多的军队，同时宣布向日本自卫队开放军事基地，允许日本自卫队进驻，以便日本自卫队更好的保护正被中国军队严重威胁的南海航线和吕宋海峡航道。

约瑟夫·阿基诺宣布允许美日军队在菲律宾驻军的当天，美国空军和日本航空自卫队的大量运输机就飞抵了菲律宾的克拉克、巴萨、费尔南多、宿务、公主港、三宝垄、达沃等机场，将大量的部队和装备投送到了菲律宾。

日本自卫队在此之前在非洲的吉布提拥有一个军事基地，不过吉布提基地周围便是中国军队、美军和法军的基地，实战价值不大，现在菲律宾和美国允许日本在菲律宾设立军事基地和驻军，对于驻军的规模，美军没有给出限制，这让日本政府和自卫队欣喜若狂。空中自卫队成为了驻军的急先锋，c-2运输机满载着空自的工程兵分队、勘测分队、地勤分队和第1空降旅团的两个营抵达了菲律宾的克拉克空军基地、桑莱岬空军基地和宿务马克坦空军基地，为后续驻军进行探路。

美日军队的先遣队进驻的时候，美日两国军方的代表和菲军的代表还在菲律宾国防部大楼中商讨中更详细的驻军方案，商讨的也不只是驻军方案，还有菲律宾军队的改革方案。

行动效率之高出人预料，美日菲三国军方经过两天的谈判之后，菲律宾军队就拿出了改革方案，在已经部署到了菲律宾境内的美军第2步兵师第2斯瑞克旅战斗队和日军第1空降旅团的支持下，改革方案被立即付诸实施。

菲律宾陆军原本下辖的北吕宋、南吕宋、中部、西部、棉兰老、国家首都六个地区军区司令部进行了调整，南吕宋军区被撤销，并入中部军区。从棉兰老军区司令位置上挪出来的新任总参谋长桑托斯·加西亚上将不希望看到有人再次上演他的做法，阿基诺家族是这次政变的最大获益着，桑托斯·加西亚的棉兰老军区的作用不可估量，因为一旦菲德尔·阿基诺少将特种部队的突袭行动失利的话，棉兰老军区的主力将挥师北上，支持菲德尔·阿基诺少将挽救菲律宾命运的“正义”行动。在桑托斯·加西亚上将的要求下，棉兰老军区被拆分成了东棉兰老和西棉兰老两个军区，军区司令部分别设立在达沃市和潘加迪安市。